V pondelok 24. júna 2013. - Vedci z Austrálie a Spojených štátov amerických poskytujú nové poznatky na pochopenie trojrozmernej štruktúry genómu, jednej z najväčších výziev, ktorým v súčasnosti čelí oblasť genomiky a genetiky, ktorej závery uverejňuje vo svojom digitálnom vydaní. “ Genetika prírody “.
V jadre každej bunky nášho tela sú tesne zložené asi tri metre DNA, čo umožňuje niektorým génom „exprimovať“ alebo aktivovať, okrem iných. Lekári Tim Mercer a John Mattick z Garvanského inštitútu pre lekársky výskum v Sydney a profesor John Stamatoyannopoulos z University of Washington v Seattli analyzovali 3D štruktúru genómu s vysokým rozlíšením.
Gény sa skladajú z „exónov“ a „intrónov“, pričom prvé sú sekvencie, ktoré kódujú a exprimujú proteíny, a posledné úseky nekódujúcej DNA v médiu. Keď sa gény kopírujú alebo transkribujú, z DNA v RNA sa intrónové sekvencie rozštiepia alebo „spojia“ a zostávajúce exóny sa spoja, aby vytvorili sekvenciu kódujúcu proteín. V závislosti od exónov, ktoré sú špízované, môže ten istý gén vytvárať rôzne proteíny.
Tim Mercer a jeho kolegovia pomocou veľkého množstva údajov z projektu ENCODE odvodili skladanie genómu a zistili, že vybrané exóny sú ľahko exponované aj v rámci génu. „Predstavte si dlhú a nesmierne komplikovanú vínnu révu, jej skrútené vetvy, ktoré predstavujú hrozno, ktoré sa dá ľahko roztrhnúť, zatiaľ čo ostatných schováva za svoj dosah, “ uvádza príklad. Mercer.
„Zároveň si predstavte lenivého zberača ovocia, ktorý si na dosah ruky vyberie hrozno - dodáva -. Rovnaký princíp platí aj pre genóm. Špecifické gény a dokonca aj špecifické exóny sa nachádzajú v dosahu skladania.“ V tomto zmysle tento vedecký pracovník zdôrazňuje, že v posledných rokoch vedci začali oceňovať, ako skladanie genómu pomáha určiť, ako sa exprimuje a reguluje.
„Táto štúdia poskytuje prvú indikáciu, že trojrozmerná štruktúra genómu môže ovplyvniť zostrih génov. Môžeme odvodiť, že genóm sa ohýba takým spôsobom, že promótorová oblasť, sekvencia, ktorá iniciuje transkripciu génu, je našiel sa vedľa exónov a všetky sa dostali do transkripčnej aparatúry, “zdôrazňuje.
„Toto podporuje nový spôsob pohľadu na veci, ktoré sa genóm ohýbajú okolo transkripčného aparátu, a nie naopak. Gény, ktoré prichádzajú do styku s transkripčným aparátom, dostanú kópie, zatiaľ čo časti, ktoré obiehajú ďaleko preč ignorujú sa, “uzatvára tento vedecký pracovník.
Zdroj:
Tagy:
správy rodina Sex
V jadre každej bunky nášho tela sú tesne zložené asi tri metre DNA, čo umožňuje niektorým génom „exprimovať“ alebo aktivovať, okrem iných. Lekári Tim Mercer a John Mattick z Garvanského inštitútu pre lekársky výskum v Sydney a profesor John Stamatoyannopoulos z University of Washington v Seattli analyzovali 3D štruktúru genómu s vysokým rozlíšením.
Gény sa skladajú z „exónov“ a „intrónov“, pričom prvé sú sekvencie, ktoré kódujú a exprimujú proteíny, a posledné úseky nekódujúcej DNA v médiu. Keď sa gény kopírujú alebo transkribujú, z DNA v RNA sa intrónové sekvencie rozštiepia alebo „spojia“ a zostávajúce exóny sa spoja, aby vytvorili sekvenciu kódujúcu proteín. V závislosti od exónov, ktoré sú špízované, môže ten istý gén vytvárať rôzne proteíny.
Tim Mercer a jeho kolegovia pomocou veľkého množstva údajov z projektu ENCODE odvodili skladanie genómu a zistili, že vybrané exóny sú ľahko exponované aj v rámci génu. „Predstavte si dlhú a nesmierne komplikovanú vínnu révu, jej skrútené vetvy, ktoré predstavujú hrozno, ktoré sa dá ľahko roztrhnúť, zatiaľ čo ostatných schováva za svoj dosah, “ uvádza príklad. Mercer.
„Zároveň si predstavte lenivého zberača ovocia, ktorý si na dosah ruky vyberie hrozno - dodáva -. Rovnaký princíp platí aj pre genóm. Špecifické gény a dokonca aj špecifické exóny sa nachádzajú v dosahu skladania.“ V tomto zmysle tento vedecký pracovník zdôrazňuje, že v posledných rokoch vedci začali oceňovať, ako skladanie genómu pomáha určiť, ako sa exprimuje a reguluje.
„Táto štúdia poskytuje prvú indikáciu, že trojrozmerná štruktúra genómu môže ovplyvniť zostrih génov. Môžeme odvodiť, že genóm sa ohýba takým spôsobom, že promótorová oblasť, sekvencia, ktorá iniciuje transkripciu génu, je našiel sa vedľa exónov a všetky sa dostali do transkripčnej aparatúry, “zdôrazňuje.
„Toto podporuje nový spôsob pohľadu na veci, ktoré sa genóm ohýbajú okolo transkripčného aparátu, a nie naopak. Gény, ktoré prichádzajú do styku s transkripčným aparátom, dostanú kópie, zatiaľ čo časti, ktoré obiehajú ďaleko preč ignorujú sa, “uzatvára tento vedecký pracovník.
Zdroj:
